Плате запослених у Секретаријату ВСТС-а БиХ су регулисане са два закона: Законом о платама и накнадама у институцијама Босне и Херцеговине и Законом о платама и другим накнадама у судским и тужилачким институцијама на нивоу Босне и Херцеговине.